(一)一般而言，建设工程合同纠纷的当事人指发包人与承包人。企业可按合同约定确定相应的对方当事人。但企业本身主体又较为复杂，设有子公司、分公司、工程处、项目经理部：其中子公司具备独立法人资格，有权成为民事诉讼的原告或被告。分公司若领有工商部门颁发的执照，属民事诉讼法规定的“其他组织”，也享有民诉主体资格。而工程处是否能成为民诉主体，要看是否经工商部门登记：而项目经理不具法人资格，也非独立核算的内部机构，无权以自己的名义起诉与被诉：另施工企业名称变更情况较多，诉讼中应以变更后的经济实体为诉讼当事人，并向法院提供工商部门的变更登记资料。被告主体错误后，在起诉标的较大情况下，原告与其撤诉后重新起诉，倒不如让主审法院驳回本方诉请，原因在于原告撤诉还需承担50%的受理费。而裁定驳回时原告只需承担受理费50元。原告起诉时，如被告属企业法人时，原告不提供企业法人营业执照不影响法院审理判决；如被告属企业法人分支机构，则原告应提交被告已经工商部门注册的依据，否则法院很可能以“原告末充分举证证明被告已经工商部门登记，从而无法证明被告具合格主体资格”为由，驳回原告起诉。
　　(二)工程转包的诉讼主体确认。
　　1.转包后发生拖欠工程款纠纷的处理(1)转包时，经发包人同意的，属于合同法规定的合同转让：应将实际施工人列为原告，发包人列为被告，合同承包人不列为当事人。(2)转包时，未经发包人同意的，实际施工人是原告，承包人是被告；发包人一般不列为当事人。
　　2.承包人将其承包的建设工程合同转包给实际施工人后，发生质量纠纷处理：发包人是原告，承包人、实际施工人员是共同被告，共同承担质量方面的连带责任。
　　(三)工程挂靠的诉讼主体确认。
　　1.工程欠款纠纷。应当以实际施工人、被挂靠单位为共同原告。若被挂靠单位不愿起诉的，实际施上人可单独起诉。
　　2.工程质量纠纷。应当以实际施工人，被挂靠单位为共同被告；两单位对质量责任承担连带责任。
　　(四)联合承包的诉讼主体确认：两个以上的承包人联合承包工程，由其中一方与发包人签订建设工程合同而发生纠纷，则其他联合方应列为本案共同原被告。
　　(五)合作建设，合作开发的诉讼主体确认：若合作方对合作标的享有共同权益的，且合作一方与承包人签订承包合同纠纷而诉讼的，其他合作建设方为共同原被告。
　　(六)涉及分包的主体确认：因分包单位原因致使建设单位发生损失的，建设单位叫以以总包单位为被告，直接向总包单位索赔。而总包单位承担责任后，可以以有责任的分包单位为对方当事人，另行提起诉讼。
　　(七)产品质量侵权的主体确定：工程质量不合格造成第三人财产人身损害的，受害人为原告，而确认对方当事人时应区分涉案工程是否已交付。在工程交付前，以承包人为被告；在工程支付后，以发包人为被告。
　　(八)施工人侵权的主体确认：施工期间因承包人过错致人损害，如在公共场所，道旁或地上挖坑，安装地下设施，未设明显标志和未采取安全措施致第三人损害的，以承包人为被告，而发包人不列为被告。